蒙医药学院经过三十年的发展历程，专业建设有了质的飞跃，从当时的只有一个蒙医学本科专业, 到2007年已有四个本科专业，即蒙医学、药物制剂（蒙授）、护理学（蒙授）、蒙药学。四个硕士研究生专业，即民族医学专业、蒙西医结合临床医学专业、蒙药学专业和中（蒙）西医结合基础医学专业。

　　4个本科生专业，每年招收200余名学生。蒙医学专业于2005年被评为自治区首批品牌专业。蒙医学、药物制剂（蒙授）专业于2007年晋升为本科第一批录取专业。

    4个研究生专业每年招生规模达到30余名......