1978 年学院创建之初，蒙医药学科没有实验室，到了 1983 年只有了一个不足 40 平米的药用植物标本室，蒙医药学科课程所有的实验内容只能在教室简单进行。到了 1985 年创建了蒙药实验室、蒙药标本室、蒙医基础实验室、蒙医诊断实验室和蒙医方剂学等实验室。经过了近 30 年的发展历程，蒙医药学科实验室建设有了质的变化。到目前已具有了较完备的能够满足蒙医药学科实验要求的各种实验室、实验中心和馆，实验室仪器设备总值达 600万元。蒙医药实验室，于 2002 年被确认为自治区高校重点实验室， 2006 年被批准为国家民委——教育部共建重点实验室。蒙医基础实验室、蒙药（生药）实验室、蒙药化学实验、蒙药药理实验室、蒙药制药实验室于 2004 年被评为自治区“双基”合格实验室。蒙医药实验教学中心于 2007 年被评为自治区实验教学示范中心。 15000 m2 的蒙医药教学实验大楼于 2007 年秋投入使用，实验室条件得到明显改善，蒙医药实验室面积达到4250平方米。