蒙医药学院研究生教育是从2001年开始的，当时只有民族医学专业一个硕士学位授予点，第二年招收6名学生。2005年第一届研究生毕业其中有1名考入博士生。2003年获得第二个硕士学位授权点，即中（蒙）西医结合临床医学专业；2005年获得第三个、第四个硕士学位授权点，即一级学科——蒙药学专业和中（蒙）西医结合基础医学专业。目前学院已有4个硕士学位授权点，四个专业共有13个方向，每年招生规模达到30人左右。

　　师资队伍不断壮大，结构日趋合理，目前已有硕士研究生导师18名，其中博士学位6名。导师组学术力量雄厚，成员年富力强，目前在职攻读博士学位的有8名，2007年又考入博士生2名。

　　学院积极把握机遇，团结拼搏，加大学科建设力度，努力把蒙医药教育教学工作推向更高的层次！