2001年以来，学院承担国家自然科学基金项目2项，国家社会科学基金课题1项，863子项目1项，国家教育部、国家民委、国家中医药管理局资助的课题6项，自治区政府“蒙医药现代化研究” 指令性课题7个项目，与企事业单位横向联合项目30项，以及自治区主席基金项目《蒙医药现代化研究体系建设与发展研究》等，总经费达905.2万元。发表论文350余篇，其中有多篇发表在各学科领域（医学、药学科学领域）的核心期刊上，其中SCI收录论文3篇，获省部级科研奖励12项。鉴定课题20项，完成企事业单位委托项目22项，出版专著6部，统编教材12部。

　　 2001年以来，共邀请国内专家来校讲学和学术交流12次；邀请国外专家讲学和学术交流35人次；先后有10位青年教师赴美国、韩国、日本、俄罗斯、蒙古国等国学习、访问和学术交流。在广泛的国际学术交流和合作基础上，2004年申请到了日本协力银行项目和国家西部人才培养基金，对陆续培养蒙医药骨干教师提供了经费保障。

　　 学校投入兴建了15000 m2的蒙医药教学实验大楼；学校直属附属医院25000 m2 病房楼投入使用；投资建立了2300 m2国家GPP标准的蒙药制剂室和自治区首批国家民族医药药物临床试验基地。争取财政部-地方共建项目费300万元启动了蒙医药基础教学实验室建设。2002年自治区教育厅批准，并投入120万元建立自治区高校蒙医药研发工程重点实验室，该实验室2006年列入国家民委-教育部共建共建重点实验室。同时学校投入210万元改善和建立了“内蒙古民族大学蒙医药研究中心”、“ 内蒙古民族大学蒙医药研究所”、“通辽市绿茵蒙医药科技开发公司”。重新整和、扩建了实验室，目前本学科有教学、科研、医疗、生产用房9300m2 。建设期内，依托单位内蒙古民族大学投入建设的实验室有蒙医基础医学实验室、蒙药生药实验室、蒙药化学实验室、蒙药药理学实验室、蒙药制药实验室和蒙医特色疗法实验室等多个标准实验室，主要仪器包括DNA测序仪、超速离心机、大容量冷冻离心机、荧光定量PCR仪等。实验室仪器设备值达1000万元。

　　 2001年以来，学院各类经费投入共计2223.2万元，其中科研经费905.2万元，“中央-地方共建项目费”300万元，“省部级重点学科建设项目费”80万元，“高校重点实验室建设项目费”120万元，学校自筹818.0万元。 建设期间，学校将“中央-地方共建项目”、“省部级重点学科建设项目”、“高校重点实验室建设项目”经费1000.0万元主要用于仪器设备购置，新增10万元以上设备21件。人才培养支出经费50万元；学术团队建设经费支出60万元；国内国际学术交流40万元；教学科研基地建设经费138万元；学科点资料室建设30万元。