课程建设是培养人才的关键环节，学院不断完善和优化组合课程的各相关要素，不断加强知识与能力的培养，逐步形成不断改革和提高质量的有效机制。在做好课程教学的前提下，深入开展课程体系和课程内容的改革，努力实现“模块课程”或“系列课程”的衔接配套和整体优化。学院承担本科62门课程和研究生30门课程的教学任务，其中《蒙医方剂学》、《蒙药学》、《蒙医基础理论》为自治区级精品课程，《蒙药化学》、《蒙医温病学》、《蒙医内科学》为学校精品课程，《蒙医儿科护理学》等8门课程为校级优秀课程。

　　 跨入新世纪，蒙医药学院制定了实现新一轮跨越式发展目标，始终不渝地坚持以内涵发展为主的战略，始终不渝地坚持以质量求发展的办学思想，有重点和分层次地发展课程建设，强化课程内涵建设，努力在近几年要有突破性发展，在本五年发展时期内争取实现国家级精品课程1—2门的建设目标 。